L'éducation à l'environnement en direction des enfants demeure un axe fort des activités de la MRE. Pour ce faire, elle consacre une partie de son budget au financement d'animations pédagogiques, sous des formes diverses, afin de les rendre plus accessibles à ce type de public :

Les scolaires et les structures de loisirs sont les premiers à pouvoir bénéficier de conditions particulièrement avantageuses : la MRE finance à hauteur de 80% le coût des animations dans tout le département du Rhône. Chaque année, près de 500 interventions sont ainsi réalisées par les associations adhérentes concernées.

Des activités régulières sont proposées aux enfants de 6-12 ans dans les locaux de la MRE : ce sont les "Mercredis de la MRE", ouverts gratuitement aux familles sur des thèmes environnementaux variés. Enfin, l'éducation à l'environnement est la vocation première du Centre d'initiation à la Nature du Grand Moulin, à Francheville : les écoles et structures de loisirs du Grand Lyon qui en font la demande peuvent bénéficier d'un financement à 85% du montant des animations (transport non compris). Chaque année, c'est plus de 200 groupes et classes qui découvrent le site du vallon de l'Yzeron à travers des activités à la fois instructives et attrayantes.