En plus des deux membres institutionnels qui supportent la MRE (le Grand Lyon et le Conseil Général du Rhône), deux autres structures apportent leur soutien à des projets spécifiques de la MRE.

C'est le cas en particulier de la Région Rhône-Alpes et de la Direction Régionale de l'Environnement de l'Aménagement et du Logement (DREAL).